El código que proporciona YouTube para publicar videos en nuestros sitios siempre ha estado lleno de basura, lo que ocasiona que esa linda plantilla que validaba xhtml al 100% no lo haga más, pero hoy buscando opciones encontré ésta herramienta en donde solo hay que pegar el código y te lo deja limpiecito 😀

Actualización: Pues la herramienta dejó de funcionar 🙁 pero he encontrado otro sitio que lo hace muy bien, solo que te agrega un enlace al final con un link hacia su página que lo puedes quitar eliminando el último div.